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FORSCHUNGSGRUPPE BIOINFORMATIK

Bioinformatik / Life Science Informatics

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Welche Information steckt in uns?

Circa 3 Milliarden DNA Bausteine in jeder unserer 100 Billionen Zellen- dies ist die Information, welche wir in der biomedizinischen Forschung und in der molekularen Diagnostik auslesen um "Fehler" und damit Ursachen für unterschiedliche Erkrankungen zu erkennen. 

Bioinformatik- ein faszinierendes, aber auch anspruchsvolles Feld-  hat sich in den vergangenen Jahren außerordentlich weiterentwickelt. Die Bioinformatik befasst sich nicht nur mit genomischen Sequenzierungsdaten, sondern auch mit molekularen Strukturen, enzymatischen Aktivitäten, medizinischer und pharmakologischer Statistik, u.v.a.. Die Analyse biologischer Datensätze spielt heute eine sehr wichtige Rolle in den Naturwissenschaften, insbesondere in den Bereichen molekulare Diagnostik, Präzisions- und personalisierte Medizin.

Forschung

Transcriptomic des malignen melanoms

Transkriptionsfaktor AP-1

Transkriptionsfaktoren (TF) sind Proteine, welche bestimmte Sequenzen der DNA binden können. Daher sind TF die primären Regulatoren der Expression eines Genes. Eine Fehlfunktion von TF und Ihrer Bindung an die DNA führt häufig zu einer veränderten Genexpression bestimmter Gene. Dies ermöglicht häufig veränderte Zellfunktionen und die Entwicklung eines malignen Phänotyps- z.B beim malignen Melanom..

In der Entstehung und Progression des malignen Melanoms spielt die Gruppe der Activating Protein-1 (AP-1) Transkriptionsfaktoren eine Schlüsselrolle. Unsere Forschungsgruppe arbeitet daran, die molekularen Mechanismen der AP-1 Transkriptionsfaktoren zu entschlüsseln. Hierzu verwenden wir u.a. RNA-Sequenzierungen und ChIP-Sequenzierungen.

Genexpression in 3D Zellkulturen

Zellen unseres Körpers sind in engen Kontakt und Austausch mit Ihren Nachbarzellen. Im Fall von Tumorerkankungen verlassen manchmal einzelne Zellen den Gewebeverbund aufgrund von veränderten Zellfunktionen. Um die Zellfunktionen möglichst nahe dem Gewebeverbund untersuchen zu können fanden in den vergangenen Jahren 3D-Modelle Eingang in die Forschung.

Insbesondere in der Tumorforschung sind 3D-gedruckte Zellkulturodelle sehr hilfreich, um in-vivo Situationen von Krebszellen zu ergründen. Mit Hilfe von RNA-Sequenzierungsdaten aus 3D-Modellen addressieren wir grundlegende Fragen. Dabei fokusieren wir uns auf die Umwandlung einer Zelle in eine ruhende Zelle (quiescent and dormant cells) oder auf die Grundlage der zellulären Differenzierung, welche anhand der Analyse der zellulären Genexpression untersucht wird.

BioinformatiK & Omics daten

Application

Anwendung von Bioinformatik-Software und maschinellem Lernen zur Analyse hochdimensionaler biologischer Daten (z. B. DNA, RNA, ChIP, qPCR, (medizinische) Bilder und andere).

Development

Entwicklung neuer computergestützter Werkzeuge und Algorithmen, um neue Erkenntnisse über biologische Prozesse zu gewinnen. Erstellung von Modellen des maschinellen Lernens für unterschiedliche Zwecke.

Analytics

Entwicklung von Analyse-Pipelines mit Schwerpunkt auf reproduzierbarer Datenanalyse unter Verwendung modernster Workflow-Manager sowie maßgeschneiderter bioinformatischer Analysen. 

Dienstleistungen

 

Nutzen Sie das Fachwissen aus den Bereichen Molekularmedizin, Bioinformatik, Biotechnologie, Immunologie und Biochemie: Wir helfen Ihnen bei einer Vielzahl von diagnostischen, analytischen oder bioinformatischen Fragestellungen. Darüber hinaus stehen der Industrie verschiedene analytische Verfahren des Labor- und Bioinformatikbereichs zur Verfügung.

Unser Angebot

Gestalten Sie Ihren Einstieg in unsere Analyse Pipeline individuell:

Beratung und Planung

Ausgehend von einer Idee lohnt es sich, die Strategie für Experimente zu ganzheitlich zu planen. Aufgrund der Komplexität der Techniken und der statistischen Anforderungen sind Forscher häufig mit den Anforderungen einer zeitgemäßen OMICS-Analyse überfordert. Wir besprechen Ihre Ideen in einem vertraulichen und aufgeschlossenen Rahmen, um die richtigen Strategien für Ihre Fragestellungen zu finden.

Probengenerierung und Datenermittlung

Entsprechend Ihrer Versuchsstrategie unterstützen wir Sie dabei, entweder geeignete Proben zu erstellen oder die Daten aus Ihren Proben zu gewinnen. Je nach der einzusetzenden Technik verfügen wir über verschiedene Experten auf diesem Gebiet: Passgenaue OMICs Daten generieren und zielgerichtet ausgewertet.

Grundlegende Datenbeurteilung und analyse

Ausgehend von Ihren OMICS-Daten bewerten wir die Qualität und Dimension Ihrer Daten und passen die Analyse entsprechend an. Ganz gleich, ob es sich um einfache, niedrigdimensionale Bulk-Analysen oder komplexe, hochdimensionale Single-cell Daten handelt: wir führen die Analyse auf hohem Niveau und mit unvoreingenommener Betrachtung der Ergebnisse durch.

Individuelle Herangehensweise Und reporting

Je nach den Anforderungen Ihres Projekts führen wir detaillierte funktionale oder maßgeschneiderte Analysen durch. Vor Beginn können Sie entscheiden, wie viele Analyserunden erforderlich sein könnten, damit nach Abschluss des Projekts die ursprünglichen Fragen zweifelsfrei beantwortet sind. Zufällige oder offensichtliche Ergebnisse in Ihren Daten werden Ihnen selbstverständlich so mitgeteilt, dass dabei stets ein Grundsatz gewahrt bleibt: Wir lassen die Daten für sich sprechen – unvoreingenommen!

Wir ermöglichen up-to-date Bioanalytik in unserem Labor Translationale Biomedizin. Bitte kontaktieren Sie uns für Ihre individuelle Analyse. 

Jede Zelle speichert ihre wichtigsten Informationen in Form von DNA. Daher bieten wir DNA-Analysen für Proben aus allen biologischen Bereichen an.

Die RNA spiegelt den aktuellen transkriptomischen Zustand einer Zelle wider. Wenn Sie also eine Expressionsanalyse oder eine andere Transkriptionsanalyse durchführen möchten, können wir Ihnen die entsprechenden RNA-Analysen anbieten.

 

Proteine sind unter anderem die „Werkzeugkiste“ der Zellen. Sie können aber auch dazu dienen, Zellen und ihren jeweiligen Phänotyp eindeutig zu identifizieren. Daher bieten wir alles an, von der klassischen Protein-Detektion über enzymatische Analysen bis hin zur immunologischen Identifizierung und zellulären Lokalisierung.

 

Dienstleistungangebot

 

Haben Sie Interesse? Kontaktieren Sie uns, um potentielle & individuelle Lösungen zu finden.

Bildung

FÜR STUDIERENDE:

 

"Du liebst Herausforderungen und möchtest wissen, wie Lebewesen funktionieren? Dann studiere bei uns!" Wir bieten zwei Studiengänge an, die sich nach Ihrem bisherigen Bildungshintergrund richten und Ihnen den Einstieg in die angewandte Bioinformatik ermöglichen.  

Der Studiengang „Bachelor Digitale Biomedizin“ eignet sich am besten für deutschsprachige Studierende, die gerade ihr Abitur abgeschlossen haben.

Der Masterstudiengang „Life Science Informatics“ eignet sich am besten für englischsprachige Studierende mit einem Bachelor-Abschluss in Informatik oder Lebenswissenschaften, die Bioinformatik auf große OMICS-Datensätze anwenden möchten.

FÜR SCHULEN

 

WORKSHOPS:

„Bei uns können Sie einen Einblick in die FORSCHUNGSARBEIT IM LABOR gewinnen und interessante Fakten über Zellbiologie, Molekulargenetik und Gentechnik erfahren. UND Sie erfahren: Wie vollzieht sich der Übergang von der Laborarbeit zur Computeranalyse?

FÜR LEHRKRÄFTE


Mitglieder unserer Gruppe stehen für die Fortbildung von Lehrkräften im MINT-Bereich zur Verfügung. Lehrkräfte können sich regelmäßig für Workshops zu folgenden Themen anmelden:

  •     Forschung in den Lebenswissenschaften
  •     Molekularbiologie
  •     Bioinformatik
  •     Genetik
  •     Molekularmedizin


Für weitere Informationen stehen wir Ihnen gerne zur Verfügung!

Forschungsgruppe Bioinformatik

Kontakt

LABOR Translationale Biomedizin

Die Forschungsgruppe Bioinformatik verfügt über ein modern ausgestattetes Labor für molekulare Zellbiologie. In unserem Labor können Zellen kultiviert sowie DNA, RNA und Proteine isoliert, modifiziert, gemessen und nachgewiesen werden. Dieses Labor wird als Lehrlabor für aktuelle Lehrveranstaltungen im Bereich Bioinformatik genutzt. Außerdem werden dort aktuelle wissenschaftliche Arbeiten durchgeführt.

PARTNER

University of Erlangen- Nuremberg
Institute for Biochemistry
Research Group: Biochemistry und Molecular Medicine

email: anja.bosserhoff@fau.de

c/o Universitätsklinikum Regensburg
RCI Regensburger Centrum für Interventionelle Immunologie
Research Group: Mononuclear Phagocytes & Epigenetics of Cell Differentiation Lab

email: michael.rehli@ukr.de

University Medical Center Ulm
Institute of Pathology

email: ed.mlu-kinilkinu@dlefneiram.flar

Fraunhofer Institute for Translational Medicine and Pharmacology ITMP
Immunology, Infection and Pandemic Research IIP

email: Wieser@mvp.lmu.de, Susanna.Oswald@itmp.fraunhofer.de, Alexander.Stolz@itmp.fraunhofer.de

BioVariance GmbH in Waldsassen

email: josef.scheiber@biovariance.com

SYNLAB MVZ Weiden GmbH

email:Ralph.Fingerhut@synlab.com

Perlasberger Straße 41
94469 Deggendorf

Perlasberger Straße 1
94469 Deggendorf

Abteilung Molekularpathologie

Perlasberger Straße 41
94469 Deggendorf